L’église de Beauport est le premier des cinq bâtiments construits au 13^è siècle pour constituer l’abbaye. Elle représente la raison d’être de ces lieux dédiés à la prière pendant 500 ans, jusqu’à sa fermeture à la Révolution française. Les chanoines prémontrés venaient y prier sept fois par jours. Un escalier mène d’ailleurs directement au dortoir pour les prières de nuit. 

L’église de Beauport avait une forme de croix latine. Elle mesurait cinquante mètres de long et vingt mètres de large. L’architecture et l’ornementation initiales y sont sobres mais soignées.

Au 17^e siècle, le décor de l’église est totalement modifié : nouveaux mobiliers, nouvelles stalles pour les chanoines, nouvelles statues, nouvelles grandes orgues et nouveaux retables. L’antique église médiévale se métamorphose sous les colonnes en marbre et les grandes compositions sculptées en tuffeau de Loire. Quelques pièces de cette période sont visibles dans les églises de Plouezec et Paimpol, ou exposées à Beauport. exposées dans la sacristie.

Dès les premières semaines de la révolution française, l’abbaye est fermée. La vie religieuse laisse place à une vie laïque. Le bâtiment se dégrade très vite. Le clocher finit par tomber sur la toiture lors d’une tempête. Les pierres sont parfois réemployées pour construire de nouveaux murs sur place.

Mais c’était sans compter sur un couple particulièrement motivé : Mélanie Morand et Napoléon Poninski. Au milieu du 19^è siècle, ils emménagent à Beauport sont tous les deux captivés par le Moyen Age et par les ruines, en vogue dans les milieux artistiques et littéraires romantiques d’alors. Cette ambiance est toujours là, dans l’église à ciel ouvert, où la végétation se mêle aux pierres. Peu à peu, les époux rachètent les différents bâtiments et réussissent même à faire classer Beauport au titre des Monuments Historiques dès 1862. Leurs tombes, réalisées à partir d’éléments sculptés du cloître médiéval sont aujourd’hui encore dans l’église. 

Ce sont leurs descendants qui vendront l’abbaye de Beauport au Conservatoire du littoral en 1992. Aujourd'hui, le monument est l'un des six sites départementaux.